NeuroTrALE je novi alat za mapiranje mozga
- Objavljeno u Znanost
Rekonstrukcija zamršenosti rada ljudskog mozga od velike je važnosti u neuroznanosti te bi mogla biti ključ za razvoj učinkovitih terapija za mnoge bolesti, uključujući Alzheimer, demenciju i mnoga druga stanja povezana sa starosti.
Laboratorij Lincoln, Chung Lab i Grupa za tehnologiju umjetne inteligencije na tehnološkom institutu u Massachusettsu MIT, razvila je projekt NeuroTrALE, softverski alat kojem je cilj analizirati i izvući korisne informacije iz velike količine podataka o slikanju mozga koji se ugrađuju u MIT SuperCloud superračunalo.
Godine 2020. tim je učitao NeuroTrALE u SuperCloud i do 2022. Chung Lab je davao rezultate. U jednoj studiji, objavljenoj u Scienceu, koristili su NeuroTrALE za kvantificiranje gustoće stanica prefrontalnog korteksa u odnosu na Alzheimerovu bolest, gdje su mozgovi zahvaćeni bolešću imali nižu gustoću stanica u određenim regijama od onih bez. Isti tim također je locirao gdje se u mozgu štetna neurovlakna često zapetljaju u moždano tkivo zahvaćeno Alzheimerovom bolešću.
Rad na NeuroTrALE-u nastavljen je uz financiranje laboratorija Lincoln i financiranje Nacionalnog instituta za zdravlje (NIH) kako bi se izgradile sposobnosti NeuroTrALE-a. Trenutačno se njegovi alati za korisničko sučelje integriraju s Googleovim programom Neuroglancer, aplikacijom otvorenog koda za pregledavanje neuroznanstvenih podataka koja se temelji na webu.
NeuroTrALE dodaje mogućnost korisnicima da vizualiziraju i dinamički uređuju svoje označene podatke, te da više korisnika radi s istim podacima u isto vrijeme. Korisnici također mogu stvarati i uređivati brojne oblike kao što su poligoni, točke i linije kako bi olakšali zadatke označavanja, kao i prilagoditi prikaz boja za svaku bilješku kako bi razlikovali neurone u gustim regijama.
"NeuroTrALE pruža platformsko-agnostičko, end-to-end rješenje koje se može jednostavno i brzo implementirati u samostalnim, virtualnim i računalnim okruženjima u oblasku visokih performansi putem spremnika." kaže Adam Michaleas, inženjer računarstva visokih performansi iz laboratorijske Grupe za tehnologiju umjetne inteligencije.
"Nadalje, značajno poboljšava iskustvo krajnjeg korisnika pružajući mogućnosti za suradnju u stvarnom vremenu unutar neuroznanstvene zajednice putem vizualizacije podataka i simultanog pregleda sadržaja."
Cilj tima je učiniti NeuroTrALE alatom potpuno otvorenog koda koji će svi moći koristiti da se postigne krajnji cilj mapiranja cijelog ljudskog mozga za istraživanje i razvoj lijekova.