One Codex će biti Google za pretragu DNK

Računalni znanstvenik Nick Greenfield i njegov kolega s doktoratom znanosti genomike Nik Krumm, pomalo podsjećaju na osnivače Googlea Sergeya Brina i Larrya Pagea, no umjesto tražilice općih pojmova, njihov search engine pod nazivom One Codex, namijenjen je pretraživanju DNK.

Ne tako davno, sekvencioniranje vašeg genoma je predstavljalo skup i složen postupak, dok je praktično korištenje dobivenih podataka bilo zanemarivo. U današnje doba proces je postao znatno jeftiniji i dostupniji svim "smrtnicima", no iskoristivost podataka je i dalje vrlo upitna stvar.

Postojeći algoritam za pretraživanje genoma pod nazivom BLAST je prilično spor, pa su Greenfield i Krumm izradili svoj pod nazivom One Codex, koji predstavlja genetsku platformu za pretraživanje koja je 1.500 puta brža od konkurentskih rješenja.

Tražilica se trenutno nalazi u otvorenoj beta fazi, no inicijalni testovi već su pokazali veliku učinkovitost novog algoritma.

Prema riječima autora, u bazi podataka tražilice trenutno se nalazi oko 30.000 bakterija, virusa i gljivica, pa je One Codex već sada izuzetno brz i efikasan alat koji ponajprije stoji na raspolaganju medicinskoj dijagnostici.

"Umjesto korištenja specifičnog testa za tuberkulozu, liječnik će uzeti uzorak, sekvencionirati ga i pretvoriti biologiju u podatke", navodi Nick Greenfield. "Nakon toga će se podaci ubaciti u tražilicu koja sadrži sve moguće patogene, pa će vam reći imate li uopće tuberkulozu, koji tip, pa čak i je li ta vrsta tuberkuloze otporna na antibiotike".

Znanstvenici kažu kako ova tražilica možda neće biti toliko popularna za osobnu uporabu kao Google, no svakome će biti drago što postoji. 

Izvor: One Codex